三谷幸喜脚本の大ヒットドラマ「古畑任三郎」シリーズの特別企画「古畑中学生」が遂にリリース！

中学3年の春、15歳の古畑少年（山田涼介）は、家庭の事情で、東京からとある田舎の中学校に転入する。古畑は、村に唯一あるスナックで働く母親（石田ゆり子）とふたりで暮らしをしていた。3年A組の担任・並木（吉田玲奈）は、古畑をクラスの皆に紹介すると、隣の席の音吉（タモト清嵐）に彼の世話係を命じた。音吉たちは、都会の雰囲気を身にまとい、髪型も話し方も変っている古畑のことを好奇の目で見ていた。クラスメートから離れ、いつもひとりでコナン・ドイルの推理小説を読んでいた古畑が唯一心を開いていたのは、科学教師の野々山（原田泰造）だった。
ある日、学校の花壇が何者かに荒されるという事件が起きる。教頭の森脇（浅野和之）は、音吉に疑いの目を向けた。音吉は、園芸係にも関わらず水をやるのを忘れてバラを枯らしてしまい、森脇から叱られたばかりだった。そのとき、音吉のピンチを救ったのが古畑だった。古畑は、音吉が肥料と間違えて種を撒き、それを狙ったカラスが花壇を荒したことを証明したのだ。この一件はたちまち学校中に知れ渡り、古畑のもとにはさまざまな相談事が持ち込まれるようになった…。